Продукты Webasyst и большинство продуктов сторонних разработчиков в корне имеют файл .files.md5, где описан список файлов продукта и контрольная сумма.
В новой версии Управление плагинами появилса дополнительный раздел Диагностика, который проверяет целостность файлов на основе .files.md5.

Формирование файла архива c автоматическим созданием .files.md5 можно выполнять через консольную команду compress.
Для игнорирования рекомендаций проверки стиля можно использовать команду вида:
php wa.php compress shop/plugins/myplugin --style false
В облаке и на тестовом хостинге не повторяется. Но на всякий случай проверку еще добавим.
Видимо Вы тестируете не при error_reporting(E_ALL)